이번 문제는 12월 말 결산법인의 법인세 신고 마감을 앞두고 불거졌다. 특히 조세특례제한법 시행령과 시행규칙 개정으로 인해 통합고용세액공제 관련 실무 적용에 큰 혼선이 발생하면서 현장의 애로가 극심했다.

문제의 핵심은 관련 서식 확정 시점과 적용 기준이었다. ‘통합고용세액공제 공제세액계산서’와 ‘상시근로자 명세서’가 3월 20일에야 개정·확정되면서, 일선 세무사들은 신고 기한이 임박할 때까지 전자신고를 정상적으로 진행하지 못하는 상황에 놓였다.

여기에 더해 개정된 상시근로자 수 산정 방식의 적용 시기가 또 다른 혼란을 낳았다. 시행령 부칙에 따라 ‘이 영 시행 이후 신고분부터’ 개정 산식을 적용하도록 규정되면서, 2023년과 2024년에 발생한 2·3차년도 공제분에도 동일한 산식이 적용되는 문제가 발생했다.

이로 인해 실제 고용 수준이 유지된 기업조차 단순한 계산 방식 차이로 상시근로자 수가 감소한 것으로 간주되어, 기존에는 가능했던 세액공제를 받지 못하는 불합리한 상황이 이어졌다.

국세청이 실무적으로 개정 산식 적용을 안내했지만, 공식적이고 명확한 지침이 없는 상태에서 신고 기한이 임박하면서 현장의 혼란은 더욱 가중됐다. 일부 세무사들 사이에서는 전자신고를 거부하고 서면신고를 검토해야 한다는 격앙된 반응까지 나올 정도로 상황은 심각했다.

이에 한국세무사회는 재정경제부와 국세청에 ▲2·3차년도 공제 적용 시 산식 차이로 인한 납세자 불이익 방지 ▲전자신고세액공제 제도 개선 및 공제액 확대 등을 공식 건의했다.

그 결과, 재정경제부와 국세청은 해당 건의를 수용해 2·3차년도 공제 적용 시 종전 계산 방식을 적용하도록 하는 명확한 지침을 마련하고 즉각 회신했다.

이번 조치로 고용을 유지한 기업들은 부당하게 세액공제를 받지 못하는 상황을 피할 수 있게 되었으며, 세무사들 역시 불확실성을 해소하고 남은 신고 기간 동안 안정적으로 업무를 수행할 수 있게 됐다.

구재이 한국세무사회 회장은 “수시로 바뀌는 세법과 늦은 서식 확정 속에서도 세무사들의 헌신으로 세무 행정이 유지되고 있다”며 “정부는 현장의 절박한 목소리를 반영해 납세자 권익 보호와 제도 개선에 신속히 나서야 한다”고 강조했다.