2024.02.23 (금)

  • 구름조금동두천 3.4℃
  • 흐림강릉 0.3℃
  • 구름조금서울 3.6℃
  • 구름많음대전 4.6℃
  • 흐림대구 4.6℃
  • 흐림울산 3.8℃
  • 박무광주 4.3℃
  • 흐림부산 6.1℃
  • 흐림고창 3.6℃
  • 제주 7.9℃
  • 구름많음강화 2.1℃
  • 흐림보은 3.7℃
  • 흐림금산 4.1℃
  • 흐림강진군 4.7℃
  • 흐림경주시 3.7℃
  • 흐림거제 6.4℃
기상청 제공

국세행정

"연구・인력개발비 세액공제 사전심사 적극 활용을"

신고내용 확인 및 감면사후관리 대상 제외 가산세 면제
3월 법인세 신고 전까지 심사받으면, 즉시 반영

theTAX tv 채흥기 기자 | ㈜A사는 소프트웨어를 연구개발하는 법인으로 연구전담부서 등록 후 새로운 연구과제를 수행하고 있으며, 전담연구원 중 갑과 을은 소프트웨어 개발과 무관한 학과를 졸업하였으나 소프트웨어 관련 경력이 있는 연구원으로 확인됐다. 이 경우 전담 연구원 갑과 을의 전공은 소프트웨어 개발과 무관하지만 소프트웨어 관련분야 경력이 있는 연구원으로 연구전담부서에서 연구에 직접 참여한 전담연구원으로 확인되므로 세액공제가  인정됐다. 

 

국세청은 연구․인력개발비(R&D) 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해 주는「사전심사 제도」를 지난 2020년부터 운영돼 기업이 연구·인력개발 활동에 전념하도록 지원하고 있는데, 납세자가 사전심사 결과에 따라 신고하면 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외되고, 추후 심사결과와 다르게 과세처분 되더라도 가산세가 면제되는 혜택을 받을 수 있다.

 

국세청(청장 김창기)은 올 3월 법인세 신고 전까지 심사를 받으면 즉시 반영된다면서 사전심사는 연중 상시 신청 가능하며, 법인세 신고기한 전까지 통지받은 심사결과는 신고에 즉시 반영된다면서 적극적인 신고를 당부했다. 

 

사전심사를 신청하면 특별한 사유가 없는 한 2주 이내 처리하고 심사결과를 통보되는데, 법인세 신고기간인 3월에 신청이 집중되거나 연구․개발활동에 대한 자료의 보완이 필요한 경우 등 불가피하게 처리가 지연될 수 있다. 신고기한까지 심사결과를 받지 못해 세액공제를 신고를 못한 신청인은 심사결과에 따라 경정청구를 할 수 있다.

 

또한, 기업이 이미 지출한 비용뿐만 아니라 장래 지출이 확실한 비용과 일부 연구과제에 대해서도 사전심사를 신청할 수 있다.

 

올해는 우편·방문접수만 가능했던 보완서류를 홈택스를 통해 제출 가능하고, 사전심사 진행 상태를 신청자가 조회할 수 있는 전산화면이 개발됐다.

 

사전심사 신청건수는 지난 2020년 1,547건에서 2021년 2,332건, 2022년 2,439건 등 해다다 꾸준히 증가하는 추세이다. 

 

한편, 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도는 내국인이 각 과세연도에 연구․인력개발비로 지출한 금액에 일정 비율을 곱한 금액을 법인세(소득세)에서 공제하는 조세지원 제도이다. 연구·인력개발비 세액공제는 기업들의 조세절감 효과가 큰 제도로 기업의 연구・인력개발을 촉진해 기업의 성장잠재력을 확충하기 위한 목적으로 운영되고 있다.

 

연구·인력개발비 세액공제는 연구·인력개발 활동 여부, 공제대상 비용 범위에 대해 납세자와 과세관청 간 이견이 종종 발생하고 있는 실정으로, 세무조사 등으로 세액공제가 잘못 신고된 것으로 확인되는 경우 수년간 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징될 수 있다.

 

사전심사를 신청할 수 있는 대상은.

연구․인력개발을 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 신청 가능하며 여러 가지 연구과제가 있는 경우 특정과제에 대해서만 신청하는 것도 가능하다.

 

세액공제 여부에 대한 불확실성을 조기에 해소하기 위해 2022년 7월부터는 비용이 확정되지 않더라도 연구개발 활동여부(기술검토)만도 신청할 수 있도록 개선됐다. 다만, 세액공제를 이미 신청한 사항, 보완 요구에 대해 보완하지 아니한 사항, 정당한 사유 없이 답변이나 자료 제출을 거부하는 등의 경우 심사에서 제외될 수 있다.

 

사전심사 신청 시 제출서류는.

연구·인력개발비 사전심사 신청서, 연구개발 보고서, 연구개발비 명세서, 그 밖의 공제대상 연구․인력개발비임을 증명하는 서류. 연구원 등록현황(KOITA), 연구원 업무분장표, 급여대장, 과제별 재료비 집행 내역(품목, 수량, 금액, 거래처 등), 위・수탁계약서 및 관련증빙(위탁과제 집행 내역), 과제협약서, 과제비 집행내역서 등

 

 

사전심사를 어떻게 신청하나.

홈택스(www.hometax.go.kr)에서 신청/제출, 신청업무, 연구개발비 사전심사 신청하면 된다. 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실, 지방청 법인세과)를 통해 신청(재신청) 할 수 있다. 홈택스 신청의 경우 공인인증서를 통해 로그인 해야 한다. 국세청 심사과정에서 서류보완을 요청받는 경우, 동일한 홈택스 화면을 통해 보완서류를 제출할 수 있다.

 

국세청은 어떤 내용을 심사하나.

국세청은 사전심사를 신청한 연구․인력개발비에 대해 기술과 비용 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토한다.

 

신청인이 수행한 연구개발 활동이 조세특례제한법 제2조 제1항의 연구개발 즉  과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동에 해당하는지 여부를 심사한다. 

 

기술검토는 본청 공익중소법인지원팀에서, 비용심사는 기업규모별로 구분하여 중소기업은 각 지방국세청 법인세과 전담팀에서, 중견기업과 일반기업은 본청 공익중소법인지원팀에서 심사를 담당한다.

 

신청인의 편의를 위해 비대면 방식으로 하는 서면심사를 원칙으로 한다. 국세청 심사는 ① 서류확인(보완요청) ② 서면심사(기술·비용검토) ③ 현장확인(필요시) ④ 검토보고서 작성 ⑤ 결과통지 순으로 진행되며, 제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우에는 보완을 요구하거나 현장확인이 진행될 수 있다.

 

심사담당자는 진행과정에서 신청인에게 사전심사의 주요 검토사항 및 향후 진행과정 등을 충분히 설명하고, 연구․인력개발비 세액공제에 대한 세무컨설팅을 제공한다. 국세청의 심사결과에 이의가 있는 경우 1회에 한해 재심사를 요청할 수 있다.

 

올해 사전심사에서 개선된 내용은. 

기존에 우편·방문접수만 가능했던 보완서류를 홈택스에서도 제출 가능하게 개선하고, 신청 후 사전심사 진행 상황을 직접 확인할 수 있도록 전산 조회화면을 개발하는 등 편의성을 더욱 강화했다.

 

신청인이 심사과정에서 언제든 연구활동에 대한 증빙자료를 추가로 제출할 수 있도록 홈택스 시스템을 개선했다. 그 동안 사전심사 담당자와 진행상황을 파악할 수 없다는 신청인애로사항을 반영, 홈택스에 5단계로 세분화된 진행상황 조회화면을 개발했다.

 

홈택스 신청화면에서 제공하는 간이계산기를 통해 연구활동을 하는 기업은 관련 지출에 대한 연구·인력개발 세액공제 가능한 금액을 간편하게 계산해 볼 수 있다. 신청기업이 연구활동 입증자료 준비에 어려움이 없도록 자체 수집이 가능한 연구소 인정서 등을 제출서류에서 제외했다.

 

사전심사 관련 향후 추진계획은.

국세청은 사전심사 전문성 강화 등을 통해 제도를 내실있게 운영, 연구․인력개발 세액공제 신고에 대한 불확실성을 해소하고, 기업의 성실신고를 지원한다.

 

이를 위해 기존에 지방청에서 실시하였던 중소기업에 대한 기술심사를 본청의 각 분야별 기술심사관이 담당함으로써, 일관성 있고 전문적인 심사서비스를 제공할 예정이다. 기술심사관은 기계·장비, 전기·전자, 화학, 건축·토목, 정보통신, 디자인·콘텐츠 등 총 8명이다. 

 

국세청은 더욱 많은 기업들이 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 이용할 수 있도록 사전심사 가이드라인 및 신청안내 리플릿을 배포하는 등 활동과 중소기업중앙회, 대한상공회의소 등 유관기관과 세무대리인을 대상으로 간담회를 개최해 의견을 수렴하고, 제도 개선에 관한 건의사항을 적극 반영한다. 

 

그동안의 사례를 살펴보면, ㈜B사는 중소벤처기업부에서 실시하는 중소기업 연구인력지원사업에 참여해 공공연구기관의 소속 연구원을 지원받고 있다. 파견연구원은 기업부설연구소에 배치되어 연구개발과제 수행하했며 인건비 중 약 70%에 상당하는 금액을 기업부담으로 연구원에게 지급됐다. 

 

이 경우 공공기관 소속 연구원을 지원받고 연구원에게 기업부담금으로 지급한 인건비가 연구・인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부가 관건인데, 인력지원사업에 따라 공공연구기관의 소속 연구원을 지원받았고 파견 연구원이 조특칙§7에서 규정하는 전담부서 등에서 연구개발 과제를 전업적으로 수행하였음이 확인되므로 세액공제 대상으로 인정된다. 

 

㈜C사는 고객사로부터 도면을 전달받아 공정 및 금형을 설계하고 연구용 금형을 이용해 시제품을 제작하고 금형제작비에 대해 세액공제 신청했다. 

 

연구용 프레스기, 연구용 금형들이 별도의 공간에 제작・보관되어 있고, 시제품은 시험용으로 일정 수량만 생산했다. 금형 이상여부와 생산시점에 따라 시제품 샘플링해 완성도를 검증하는 연구개발활동이 확인되므로 연구용 금형 제작비용은 시범제작에 소요되는 외주가공비로 세액공제 인정됐다. 전담부서등에서 시제품 제조에 사용되는 연구용 금형을 제작하기 위해 지출한 외주가공비는 시범제작에 소요되는 외주가공비에 해당하므로 세액공제 가능하다. 

 

㈜D사는 산업용 동력장치 개발 관련 시제품을 제작 활동을 수행하면서, 원자재 구매비용 ○○억 원을 재료비로 분류해 세액공제 신청했다. 원자재 구매비용에 시제품 재료비와 양산품 재료비가 혼재되어 있음을 확인했다. 

 

이 때 원자재 구매비용 중 양산품 제조에 사용된 재료비가 연구개발세액공제에 해당하는 재료비인지 여부인데, 원자재 구매비용 중 ○억 원은 연구전담 부서 등에서 연구용으로 직접 사용하지 않고, 양산품 생산에 직접 사용되었으므로 연구개발비 세액공제 대상 재료비로 인정되지 않았다. 

 

세액공제 대상 재료비는 전담부서 등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품・부품・원재료와 시약류 구입비를 말한다. 

 

 

포토이슈